自从建设部颁布《城市房地产抵押管理办法》以后，有许多在建工程已经进行了抵押，登记机关也为之进行了抵押权登记，从而使这些工程项目能及时地获得继续建造所需的资金。允许以在建工程设定抵押，对促进经济的发展无疑有着一定的积极意义。
用以抵押的在建工程中，有一部分属于房地产开发企业在建的商品房，这类在建工程抵押以后，极易损害抵押权人和购房者的合法权益，不利于房地产市场的健康发展，也增加了权属登记机关在工作中的风险。因而，登记机关应当慎重办理在建商品房抵押登记手续。在建的商品房办理在建工程抵押登记，主要问题在以下几个方面：
一、不易保障抵押权的实现。
我国合同法第二百八十六条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人……可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿”，这种优先受偿的权利是法律的直接规定，而并非由当事人自行设定。按民法原理，承包入的这种优先受偿的权利不能优于物权，即不能先于抵押权人受偿。但是，由于承包人在事实上占有着在建工程，另一方而且工程款的一个主要组成部分是建筑工人的工资。由于其它相关法律的规定以及考虑到社会的安定，在司法实践中，工程款往往能优先天偿。因此，尽管工程款的这种优先受偿的权利是否能优于低押权，在法学界尚有较大的争议，但实际上，当工程款的这种优先受偿权与在建工程抵押权共同存在时，则往往会以抵押权人的权益受损而告终。而且，问题在于工程款的这种优先受偿的权利并不进行登记，不向社会公示，第三人难以知道，不易事先规避。
二、增加消费者买房的风险。
消费者的风险来自两个方面：
1、房地产开发企业以在建的商品房作为在建工程进行抵押时，绝大多数已经领取了商品房预销售许可证，因此，房地产开发企业已经可以合法地将在建的商品房进行预售。这样，开发企业一方面可以从商品房的预售中收回资金，还可以用在建工程进行抵押取得贷款。《担保法》虽然规定了转让抵押物的价款应提前清偿所担保的债权或者由约定的第三人提存，但是，遵守这些规定必须以开发商自觉守法为前提。
此外，在基本建设项目中，建设施工单位垫资的现象已十分普遍，开发企业以在建的商品房作为在建工程进行抵押时，实际上已从建设施工单位获得了一部分资金。在我国南方的一些城市，已经出现商品房预售款、施工单位垫资款和在建工程抵押所得的贷款三项相加超过了全部商品房价值的现象。这一现象的出现，给一些不法的开发商进行恶意欺诈提供了机会，在这种情况下，购房者所承担的风险必然大大增加，购房者的合法权益难以得到保障。
2、商品房不同于其它房屋的一个特点就是用于销售，商品房作为在建工程进行抵押以后，开发商并不停止商品房的预售，否则，开发商将无从还贷，在建工程作为抵押物抵押以后，按《担保法》第四十九条的规定，在转让抵押物时：除通知抵押权人外，还应当将已抵押的情况告知买房人。由于抵押权所具有的追及效力，倘若开发商不履行贷款合同，而银行行使抵押权时，必将祸及无辜的购房者，购房者即便已付清了房款，也无法取得该房的所有权，而只能作为普通的债权人向开发商要求赔偿，并无法优先受偿。
如果开发商不将已折押的情况告知买房人，即向购房者隐瞒在建工科已经进行抵押的事实，那对于购房者来说将更为麻烦，因为购房合同可能是无效的合同，至于能否返还购房款，则会成为问题。
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